Чтобы удалить пакет из системы, используйте команду
emerge --unmerge пакет
Чтобы Portage выявила все пакеты, которые можно удалить после проведённого нами удаления, используйте команду
emerge --depclean
emerge -av --depclean
удалит всё, что не записано в @world и от чего ни один пакет не зависит.
Поэтому всякие библиотеки при переинсталляции не забывайте ставить с опцией -1 (--oneshot), а то в world пропишутся.
emerge -pve @world - выведет пакеты, установленные пользователем.
emerge -pv @installed выводит абсолютно все пакеты